Organismen liefern lösende, Minerale und Gesteine destabilisierende Agenzien. Als Stoffwechselprodukt der Atmung entsteht CO₂, bei der Nährstoffaufnahme werden im Austausch gegen Kationen H⁺-Ionen freigesetzt, wobei die Protonenausscheidung durch die Pflanzenwurzeln erfolgt. Ausserdem entstehen Stoffwechselausscheidungen von Bakterien, Algen und Pilzen, die organische Säuren wie Oxal-, Wein- und Zitronensäure abgeben. Schwefelsäure und Salpetersäure entstehen durch oxidierende Mikroorganismen. Auch ätzende Kotausscheidungen von Wirbeltieren tragen zur biologischen Verwitterung bei.

Niedere Pflanzen haben den bedeutendsten Einfluß auf die Verwitterung, da sie in der Lage sind, auf nacktem Gestein zu siedeln. Dazu sind nur die niederen Pflanzen befähigt, weil sie der Luft die lebenswichtigen Elemente C und N entnehmen können, die in keinem Gestein enthalten sind. Krustenflechten sind Erstbesiedler, später können sich auf der angegriffenen Gesteinsoberfläche Moose ansiedeln.

Landkartenflechte (Rhizocarpon geographica) Krustenflechte auf Steinen und Felsen; wächst äußerst langsam. (Quelle: http://mitglied.lycos.de/bergblumen/blumen1.htm)

Mit der Ansiedelung höherer Pflanzen tritt eine physikalische Form der biologischen Verwitterung hinzu: die Sprengwirkung von Pflanzenwurzeln infolge Dickenwachstum in Spalten.

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